歷史沿革
為整合校內各漁業科學教學研究單位，強化及拓展漁業科學研究領域，開發新技術以解決產業問題及促進漁業發展，遂於民國 68 年申請農復會（現為農委會）經費補助，籌建「漁業科學館」；並在理學院架構下於民國 75 年成立「漁業科學研究所」，由郭欽明(榮譽教授)擔任第一任所長，招收漁業資源與水產養殖碩士班研究生，民國 86 年成立博士班，隨著本校生命科學院與生命科學系的籌設，本所也在 92 年度轉入生命科學院，並參與生命科學系的教學訓練課程。
漁業科學研究所成立之宗旨，是為台灣負起基礎水生生物科學的教學與研究而設立的研究所，30幾年來培育了無數具有多元領域專業能力與宏觀視野的水生生命科學及資源管理人才，提供政府所需的優質公務人員以及產學界所需的漁業科技應用人才，同時也著重領域發展的均衡性，並加強與國內外研究機構之交流和合作，以期達到國際漁業科學研究水準。
教學及發展方向
- 目標、特色：漁業科學研究所成立之宗旨，是為台灣負起基礎水生生物科學的教學與研究而設立的研究所。30幾年來培育了無數具有多元領域專業能力與宏觀視野的水生生命科學及資源管理人才。本所仍將堅持創所時之宗旨，但是為了因應時代之變遷，本所擬作些許之調整。近5年本所已積極進行換血，考量水生生物科技在台灣與世界未來之發展性，本所亦在審慎思考微調現有所名，以符合現有專任教師之專長與提高對學生報考之吸引力。
- 課程設計與教師教學：本所主要教育目標係培養漁業科學之中、高級研究人才，儲備產、官、學界人力，以適應知識經濟時代。此外亦協助規劃漁業政策，解決世界及台灣所面臨的漁業資源過度捕撈及漁業環境惡化的問題。教學與研究的特色採基礎理論與產業應用兼籌並顧之原則，不僅著重於學術理論之探討，亦不忽略研究成果在產業上的實際應用。本所教師研究領域以水生生物為對象，研究內容含蓋了資源生態與管理、飼料營養、生殖生理、天然物化學、水產養殖疾病防治、系統生物學及分子生物學等。教學目標包括:
(1) 水生生物生理、生化、分子生物、生殖內分泌、免疫等基礎課程。
(2) 魚蝦貝藻類的繁養殖技術與產業永續發展等課程。
(3) 漁業資源評估、生態保育、永續漁業發展等課程。
(4) 培育具有自主學習、獨立思考及批判能力的人才。
學術研究方向主要可分為三大主軸，即為漁業資源生態、水產繁養殖、以及水生生物科技，以促進漁業資源培育、管理及永續利用。近年研究重點及發展方向，包括鰻魚資源生態與人工繁養殖、藻類與微生物天然代謝物、養殖生物之病害防治、養殖生物之飼料與營養、魚類生理與內分泌、全球變遷大數據分析、益生菌與宿主免疫、以及珊瑚礁生態與環境微生物等。研究不但具有前瞻性，亦重視研究成果於產業的潛在應用價值。
3.學生學習：目前本院與日本筑波大學生命科學與環境學院合辦國際雙聯學位，本所碩士生可申請雙聯學位，由本所與筑波大學合作教師共同指導，學生在畢業後同時取得雙邊的學位。