第九屆海洋貢獻獎 (2021)
日經亞洲獎 (2019)
行政院農委會-農業專業獎章(2018)
台灣農學會農業學術褒獎(2017)
豐原國小(120周年)傑出校友(2017)
日本水產增殖学会名譽會員(2017)
日本旭日中綬章(2014)
國立臺灣大學傑出校友(2013)
世界養殖聯盟終身成就獎(2012)
第15屆中華民國斐陶斐榮譽學會傑出成就獎(2010)
總統科學獎(2009)
國立清水高級中學首屆學術類傑出校友(2006)
國立臺中第一高級中學首屆學術類傑出校友(2005)
國立臺灣海洋大學終身特聘教授(2004)
臺灣、加拿大雙邊卓越研究人員獎(2002)
國家科學委員會特約研究員(1996-2002)
亞洲水產學會榮譽終身會員(1995)
中央研究院院士(1992)
世界科學院院士(前第三世界科學院)(1990)
臺美基金會科技工程人才成就獎(1989)
教育部農科學術獎(1987)
世界水產養殖學會榮譽終身會員(1987)
國家科學委員會傑出研究獎五次(1986-1995)
中華教育文化基金會學術訪問獎(1985)
行政院首屆傑出科技人才獎(1976)
第七屆全國十大傑出青年獎(1969)